ابتدا دستگاه اندازه گیری باید تنظیم شود و صفر آن با تزریق آب مقطر به داخل شعله مشخص گردد. پس از روشن شدن لامپ نور بدون مانع از لامپ کاتدی انتشار می یابد و بر روی تقویت کننده می افتد و وقتی محلولی حاوی یونهای قابل جذب به داخل دستگاه تزریق می شود قسمتی از نور منتشره از لامپ کاتدی جذب خواهد شد در نتیجه شدت نور روی دستگاه تقویت کننده کاهش می یابد.
محلولهای استاندارد عنصری که باید تعیین مقدار شود برای رسم منحنی کالیبراسیون به کار می روند تا از روی آنها بتوان غلظت عناصر در نمونه های مورد آزمایش را با توجه به میزان جذب نور آنها به دست آورد.
به علت اختلاف بین مدلها و ساخت دستگاه اتمیک ابسورپشن توسط کارخانجات سازنده آموزش یک متد فرموله شده قابل قبول برای طرز کار با هر وسیله امکان پذیر نمی باشد ولی بطور کلی طرز عمل به ترتیب زیر می باشد:
1- لامپ کاتدی فلزی را که می خواهیم تعیین مقدار نماییم در دستگاه نصب کرده و طول موج آنرا تنظیم می کنیم.
2- عرض شکاف (دیافراگم) را بر طبق کارخانه سازنده دستگاه برای عنصری که اندازه گیری می شود تنظیم می نمائیم.
3- دستگاه را روشن و مقدار جریان قراردادی بوسیله کارخانه تولید کننده را برای لامپ کاتدی به کار می بریم.
4- فرصت می دهیم که دستگاه گرم شده منبع انرژی ثابت شده. این مرحله معمولاً 10 تا 20 دقیقه زمان نیاز دارد بعد از گرم شدن دستگاه در صورت نیاز مجدداً جریان را تنظیم می کنیم.
5- شعله پخش کن را نصب می نمائیم(2).
6- جریان هوا را برقرار نموده و میزان آنرا توسط کارخانه سازنده جهت به دست دادن ماکزیمم حساسیت برای فلزی که اندازه گیری می شود معین شده است تنظیم می نماییم.
7- جریان استیلن را برقرار نموده و میزان آنرا تا مقدار معین شده تنظیم کرده و شعله را روشن می نمائیم.
8- آب مقطر اسیدی شده با غلظت 5/1 میلی لیتر اسید نیتریک غلیظ خالص در لیتر به داخل دستگاه تزریق کرده و سرعت تزریق را برای بیشتر از 10 دقیقه کنترل کرده و صبر نموده و چنانچه لازم باشد سرعت را بین 3 تا 5 میل لیتر در دقیقه تنظیم نموده و دستگاه را صفر می کنیم.
9- شعله پخش کن را در حالت ایده آل تنظیم می کنیم.
10- اکنون دستگاه آماده برای کار می باشد پس از اتمام آنالیز شعله را با قطع جریان استیلن و سپس هوا خاموش می نماییم.